La historia de este municipio se remonta a más de 15,000 años, tiene su raíz en el nomadismo por sostenerce de la caza y recolección de frutos por cientos de años. Chicoloapan formó parte de los primeros pueblos habitados en el Anáhuac, no obstante, es hasta el periodo epiclásico (a fines del periodo clásico e inicios del posclásico) cuando se sedentarizó. Tuvo una enorme influencia de las culturas teotihuacana, tolteca y mexica. Por más de 300 años estuvo bajo el dominio de la cultura Acolhua Chichimeca con sede en el pueblo de Coatlinchan, cuyo primer gobernador fue Apaxli Chichimecatl, descendencia que gobernó durante 200 años. En ese entonces Chicoloapan estaba ubicado en el cerro llamado del "Portezuelo" y distribuido poblacionalmente en tres grandes barrios: Huatongo, Coexcontitla, y Chilhuango.
Antes de la llegada de los españoles, los chicoloapenses ya vivían grandes conflictos debido a la falta de gobierno. Esto permitió que los españoles sujetaran de inmediato a los pobladores como pueblo de caballería y quedaran bajo la encomienda de Hernán Cortes.
El proceso de evangelización fue arduo, primero los franciscanos, más tarde los dominicos y fue hasta la llegada de los jesuitas que pudo lograrse este objetivo, pues realizaron entre los nativos del pueblo una gran labor de convencimiento y a través de las faenas. Los chicoloapenses difícilmente dejaron someterse, por ello siempre se les consideró bárbaros y chichimecas por su naturaleza. Los jesuitas dieron el nombre de "San Vicente" al pueblo, que antecede al de Chicoloapan, además de ubicar el mismo territorio actual que ocupa como área poblacional y junto con ellos constituyeron la parroquia.
Conforme avanza el periodo colonial, las formas de vida son modificadas, época en la que vivió una inestabilidad social y no cesaron los conflictos sobre tierras.
El poblado de San Vicente Chicoloapan obtiene por decreto oficial, la categoría de Villa de Chicoloapan de Juárez. El 16 de Julio de 1822, antes de firmar el acta constitutiva de la soberanía del Estado de México, se convierte en municipio libre. En 1885 es nombrado como primer presidente Don José Arcadio Sánchez.
Durante el siglo XIX presentaron un auge dos grandes haciendas: Tlamimilolpan y Coxtitlan, con anterioridad ya lo habían hecho las haciendas de "San Isidro" y "Huatongo". Asimismo fue un periodo de inestabilidad social y constantes saqueos de la iglesia.
En los inicios del siglo XX se desarrollan grandes cambios en la población, los nativos comienzan a migrar a la ciudad de México, sin embargo, la década de los años cincuenta son momentos cruciales que cambiarían el modo de vida de los chicoloapenses; desde la introducción de la industria tabiquera, aparatos novedosos en las viviendas, los padres de familia se interesaban más por la educación de sus hijos.
A partir de los años setenta se forman las colonias, barrios, y unidades habitacionales, las que hoy conforman la división política poblacional, lo que ha ocasionado la pérdida de la identidad municipal. A pesar de los cambios sufridos, en la cabecera municipal todavía se respira un aire de cordialidad y amabilidad.
Cabe destacar que en los últimos años la población de Chicoloapan ha crecido en forma alarmante, alcanza casi a los 200,000 habitantes.